As matérias tratadas pelo CESA resultam da consulta por parte dos órgãos de governo próprio (Assembleia Legislativa da Região Autónoma dos Açores e Governo Regional) ou do exercício do direito de iniciativa do próprio Conselho.

Os pareceres, pronúncias e recomendações do CESA não têm caráter vinculativo, e são emitidos nos prazos determinados na lei ou nos seus regulamentos internos. Antes da sua aprovação, os documentos são por norma trabalhados pela comissão especializada competente em razão da matéria (que elabora a proposta de parecer) ou solicitados contributos escritos aos membros.

Em matéria de concertação social, as deliberações tomadas pela Comissão Permanente de Concertação Social não carecem de aprovação pelo Plenário.

Os órgãos colegiais do CESA deliberam por maioria simples, tendo o presidente voto de qualidade. O direito de voto é pessoal.

O CESA dispõe de um/a secretário/a-geral, responsável por apoiar e assegurar o expediente relativo ao funcionamento dos órgãos, e coordenar os serviços de apoio técnico e administrativo.

O CESA pode estabelecer relações de cooperação e firmar acordos de permuta de informação com instituições que promovam, designadamente, objetivos de diálogo social, negociação coletiva e concertação.