A atividade do CESA, bem como a efetiva participação dos Conselheiros/as no trabalho desenvolvido, faz-se através dos seus órgãos:
- Presidente
- Plenário
- Comissão Coordenadora
- Comissão Permanente de Concertação Social (CPCS)
- Comissão Especializada Permanente de Economia e Desenvolvimento (CEPED)
- Comissão Especializada Permanente de Educação e Formação (CEPEF)
- Comissão Especializada Permanente dos Setores Sociais (CEPSS)
- Comissão Especializada Temporária para Acompanhamento do PRR-Açores (CET PRR-Açores)